محمدرضا شجریان در سال ۱۳۸۱ دو آلبوم بی تو به‌سر نمی‌شود و فریاد را منتشر کرد که با همکاری حسین علیزاده، کیهان کلهر و همایون شجریان اجرا شده بودند. این دو آلبوم نامزد جایزه گرمی شدند.این گروه چهارنفره در زمستان سال ۱۳۸۲ نیز جهت کمک به زلزله‌زدگان بم در تهران کنسرتی برگزار کردند که با نام هم‌نوا با بم شناخته می‌شود. وی درآمد حاصل از فروش دی وی دی این کنسرت را به پروژهٔ باغ هنر بم که خودش آن را تأسیس کرده بود، اختصاص داد.شجریان، علیزاده، کلهر و همایون شجریان در پاییز ۱۳۸۴ نیز یک کنسرت برگزار کردند که حاصل آن آلبوم‌های ساز خاموش و سرود مهر بود و پس از آن دیگر این چهار نفر با یکدیگر همکاری نکردند. از سال ۱۳۸۶، محمدرضا شجریان به همکاری با گروه آوا پرداخت و کنسرت‌هایی در تهران، اصفهان، اروپا، آمریکا و کانادا اجرا کرد. در این دوران، دو اثر به نام‌های غوغای عشق‌بازان (آلبوم صوتی) و کنسرت محمدرضا شجریان و گروه آوا (آلبوم تصویری) به همراه گروه آوا اجرا و به بازار عرضه شد.در همین سال مادر شجریان درگذشت و وی در مراسم ختم مادرش پس از ۳۰ سال، دعای ربنا را دوباره خواند.شجریان اکنون به همراه پسرش همایون شجریان به ترویج و اشاعهٔ موسیقی اصیل و سنتی ایرانی می‌پردازد. پس از برگزاری کنسرت شجریان در ونکوور کانادا، گلوب اند میل، شجریان را افسانهٔ موسیقی شرق معرفی کرد.

محمدرضا شجریان در سال ۱۳۸۷ یک گروه موسیقی بنیان‌گذاری کرد و آن را به افتخار جلیل شهناز (نوازندهٔ نامی تار)، گروه شهناز نامید.از جمله اعضای این گروه می‌توان به مژگان شجریان (دختر او) و مجید درخشانی (نوازنده تار و سه تار) اشاره کرد. از آن زمان به بعد، محمدرضا شجریان با این گروه فعالیت داشته‌است. یکی از ویژگی‌های مهم این گروه موسیقی، استفاده از سازهای ابداعی محمدرضا شجریان است که برخی از آن‌ها ویژگی‌هایی دارند که آن‌ها را مناسب جایگزین با سازهای غربی همچون ویولون می‌کند.

پس از دهمین دورهٔ انتخابات ریاست جمهوری ایران، محمدرضا شجریان در نامه‌ای به عزت‌الله ضرغامی از وی خواست تا از پخش آثار او در صدا و سیما خودداری کند. وی گفت: «سرودهایی که خوانده به‌ویژه سرود ایران، ای سرای امید متعلق به سال‌های ۱۳۵۷ و ۱۳۵۸ بوده و هیچ ارتباطی با شرایط کنونی ندارد». وی اعلام کرد سازمان صدا و سیما هیچ نقشی در تهیه این آثار نداشته و به حکم قانون و شرع از این سازمان خواسته صدا و آثار او را در هیچ‌یک از واحدهای رادیو و تلویزیون پخش نکند.البته همزمان در آن نامه، شجریان دعای «ربنا» و «مناجات افشاری» خود را به ملت ایران تقدیم و تأکید کرد حساب این دو اثر از بقیه آثارش جداست. اما پس از شکایت رسمی وی از صدا و سیما عده‌ای از مدیران صدا و سیما اعلام کردند دیگر حتی دعای ربنای ایشان را هم پخش نمی‌کنیم. محمدحسین صوفی، معاون صدای سازمان نیز اعلام کرد: «از این پس حتی در ماه رمضان صدای محمدرضا شجریان از شبکه‌های رادیویی پخش نمی‌شود». محمدرضا شجریان در گفتگو با بی‌بی‌سی گفت: «در شرایطی که مردم در بهت و حیرت هستند و به گفته آقای احمدی‌نژاد، خس و خاشاک به حرکت درآمده‌اند، صدای من در صدا و سیما جایی ندارد. صدای من صدای خس و خاشاک است و همیشه هم برای خس و خاشاک خواهد بود».در همین دوران شجریان تک‌آهنگ زبان آتش را در حمایت از معترضان و در پی اعتراضات سال ۱۳۸۸ با آهنگ‌سازی خودش و تنظیم مجید درخشانی و شعر فریدون مشیری منتشر کرد.پس از این اتفاقات، پخش دعای ربنا نیز در صدا و سیما ممنوع شد.

در سال ۱۳۸۹، محمدرضا شجریان به همراه گروه شهناز یک تور کنسرت جهانی برگزار کرد که دو مورد از این کنسرت‌ها منتشر شده‌اند. کنسرت محمدرضا شجریان و گروه شهناز در دبی و اثر دیگر کنسرتی در لندن است که بی‌بی‌سی به صورت رسمی پخش کرد. مجید درخشانی (سرپرست گروه شهناز)، این دو کنسرت را از موفق‌ترین کنسرت‌های این گروه می‌داند که در آن بسیاری از سازهای ابداعی محمدرضا شجریان مورد استفاده قرار گرفته‌اند.

آلبوم‌های بی‌تو به‌سر نمی‌شود،فریاد،هم‌نوا با بم، جام تهی، ساز خاموش، سرود مهر، غوغای عشق‌بازان، کنسرت محمدرضا شجریان و گروه آوا، آه باران و رندان مست همگی در دههٔ ۱۳۸۰ را شرکت دل آواز منتشر کرد.

دههٔ ۱۳۹۰

محمدرضا شجریان آلبوم صوتی مرغ خوش‌خوان و دو آلبوم تصویری کنسرت محمدرضا شجریان و گروه شهناز در دبی و کنسرت محمدرضا شجریان و گروه شهناز در تهران که مربوط به همکاری او با گروه شهناز بود را در اوایل دههٔ ۱۳۹۰ منتشر کرد. پس از آن، به صورت موقت با برادران پورناظری (تهمورس پورناظری و سهراب پورناظری) همکاری کرد که حاصل آن آلبوم رنگ‌های تعالی است. البته این اثر به صورت رسمی منتشر نشده، بلکه بر روی اینترنت پخش شده‌است. محمدرضا شجریان، بعد از آن، همکاری با برادران پورناظری را قطع کرد و در سال ۱۳۹۳ یک بار دیگر به‌همراه گروه شهناز و با حضور سعید فرج‌پوری یک تور کنسرت جهانی با عنوان سرگشتگان عشق برگزار کرد.

سال ۱۳۹۱، شجریان به تبریک زادروز بهرام بیضایی به خانهٔ وی در کالیفرنیا رفت؛ و بهار سال بعد در آواخوانیِ آرش بیضایی در دانشگاه استنفورد حضور یافت.

در سال ۱۳۹۴ حسین نوش‌آبادی اعلام کرد که محمدرضا شجریان برای برگزاری کنسرت ممنوعیت قانونی دارد.شجریان در هفتم شهریور ۱۳۹۴ به‌علت عوارض ناشی از سرماخوردگی، در بیمارستان کسری بستری شد.

در روز پنجم مهرماه ۱۳۹۵، آلبوم طریق عشق اثر مشترک محمدرضا شجریان و پرویز مشکاتیان منتشر شد و همایون شجریان آن را در تالار وحدت رونمایی کرد.

بیماری و درگذشت

محمدرضا شجریان در پیام ویدئویی برای تبریک نوروز ۱۳۹۵ با چهره‌ای دگرگونه و موهای بسیار کوتاه حاضر شد. برخی سایت‌ها از ابتلای او به سرطان کلیه خبر دادند.

خود من هم با یک میهمان ۱۵ ساله‌ای سال‌هاست که آشنا هستم و دوست شدیم با همدیگر و الآن هم من به خاطر همان اینجا ایستاده‌ام و طبق دستور ایشان موهای سرم را هم کوتاه کردم و بچهٔ حرف‌گوش‌کنی شدم و چند وقت دیگر هم در این‌جا هستم، چون آرامش خوبی دارم و خیلی راحتم این‌جا، برای این‌که با این میهمان بتوانیم به تفاهم برسیم ان‌شاءالله. به تفاهم که رسیدیم، راه می‌افتم می‌آیم به سراغ شما هم‌میهنان عزیزم و کارهای هنری‌ام را دنبال خواهم کرد.

از اوایل بهمن سال ۱۳۹۸، وضعیت ریه‌های او به وخامت گرایید که منجر به بستری شدن در بیمارستان برای عمل جراحی به‌منظور «تعبیه راه عروقی جهت دارورسانی راحت‌تر و مؤثرتر» شد. اما بیست روز پس از مرخص شدن شجریان از بیمارستان، مشکلات تنفسی مجدداً او را در روز پنج‌شنبه ۱ اسفند ۱۳۹۸ راهی بخش مراقبت‌های ویژه بیمارستان کرد و تا فروردین ۱۳۹۹ در بیمارستان باقی ماند. پس از آن مراقبت ویژه از محمدرضا شجریان در خانه ادامه یافت تا روز شنبه، ۲۵ مرداد ۱۳۹۹، که با افت سطح هوشیاری، افت فشار خون و شوک عفونی بار دیگر در بخش مراقبت‌های ویژه بیمارستان جم بستری شد و پس از حدود ۱۰ روز، ۳ مهرماه، از بیمارستان به خانه‌اش منتقل شد.

افراد سرشناسی چون عبدالوهاب شهیدی، ابراهیم گلستان، محمود دولت‌آبادی، ایران درودی، حسن روحانی، نچیروان ادریس بارزانی، محمدرضا عارف، فرناز فصیحی، رضا پهلوی، علی لاریجانی، محمدجواد ظریف، سید مصطفی تاج‌زاده، علی دایی و همچنین بسیاری از مردم در شبکه‌های اجتماعی به درگذشت وی واکنش نشان داده و از درگذشت وی ابراز تأسف نمودند. همچنین چند سفارتخانه خارجی، از جمله سفارت فرانسه در ایران نیز درگذشت او را تسلیت گفتند.

خوشنویسی

محمدرضا شجریان علاوه بر آوازخوانی، علاقهٔ زیادی به خوشنویسی ایرانی دارد. او از سال ۱۳۴۴ به فراگیری خط نستعلیق نزد ابراهیم بوذری و حسین میرخانی پرداخت. او در حال حاضر دارای درجه ممتاز در خط نستعلیق است. محمدرضا شجریان در سال ۱۳۸۹ آثار خطاطی خود را در نمایشگاهی در تالار وحدت به همراه منتخبی از خوش‌نویسان معاصر به نمایش گذاشت.

تلاوت قرآن

محمدرضا شجریان اولین بار نزد پدرش (مهدی شجریان) که خود از قاریان مشهد بود، قرائت قرآن را فرا گرفت.او برای اولین بار در ۱۲ سالگی به تلاوت قرآن در رادیو مشهد پرداخت. محمدرضا شجریان تا قبل از سال ۱۳۴۶ که به تهران مهاجرت کرد، به صورت افتخاری در رادیو مشهد قرآن می‌خواند. پدر او با آواز خواندن پسرش موافق نبود و محمدرضا شجریان به همین دلیل تا چهار سال در رادیو تهران با نام «سیاوش بیدگانی» آواز خواند.محمدرضا شجریان در مصاحبه با بی‌بی‌سی گفته بود که پدر او می‌خواست خانوادهٔ آن‌ها (شجریان) بیشتر با چهرهٔ مذهبی شناخته شود و محمدرضا شجریان برای این که پدرش را ناراحت نکند از نام مستعار «سیاوش بیدگانی» استفاده کرد تا این که مهدی شجریان با احمد عبادی، نوازندهٔ نامی سه‌تار ملاقات کرد و پس از این ملاقات، رضایت داد تا پسرش با نام اصلی آواز بخواند.پس از آن محمدرضا شجریان در کنار آوازخوانی، قرائت قرآن را نیز ادامه داد. وی در سال ۱۳۵۶ در مسابقهٔ تلاوت قرآن کشوری، رتبهٔ نخست را به دست آورد.همچنین در مسابقات بین‌المللی تلاوت قرآن در سال ۱۳۵۷ (تابستان ۱۹۷۹) در مالزی، هنگامی که قاری ایرانی قادر به شرکت در مسابقه نبوده، محمدرضا شجریان بدون هماهنگی و آمادگی قبلی، به‌عنوان نماینده ایران در مسابقه شرکت می‌کند و رتبه دوم جهان را به دست می‌آورد.

در سال ۱۳۵۸ چهار آیه برگرفته از آیات قرآن را با صوت خواند و این آیات (که تمامی آن‌ها با واژهٔ «ربنا» شروع می‌شدند)، در ماه رمضان در برنامه افطار پخش شدند و به نام دعای ربنای شجریان معروف شدند. دعای ربنا به همراه مناجات مثنوی افشاری (این دهان بستی دهانی باز شد) باصدای شجریان به مدت ۳۰ سال از اصلی‌ترین برنامه‌های رادیو و تلویزیون برای ماه رمضان بودند.محمدرضا شجریان دعای ربنا را متعلق به مردم معرفی کرده و حتی هنگامی که صدا و سیما را از پخش آثار منع کرد، پخش دعای ربنا را به عنوان یک مورد استثناء منع نکرد.

یک مجموعه تلاوت قرآن به نام به یاد پدر وجود دارد که در قالب ۲ سی‌دی مجزا (به یاد پدر ۱ و به یاد پدر ۲) انتشار یافته و مربوط به برخی تلاوت‌های محمدرضا شجریان بین سال‌های ۱۳۵۷ تا ۱۳۶۱ است. محمدرضا شجریان این اثر را پس از درگذشت پدرش، مهدی شجریان برای یادبود او در سال ۱۳۷۸ منتشر کرد. این مجموعه شامل تلاوت سوره‌های قصص، انعام، فجر، بلد، فتح و نمل است و البته شجریان در به یاد پدر ۲ دعای ربنا را نیز اضافه کرد.

او در مصاحبه با بی‌بی‌سی گفته بود که هنگامی که در زمینهٔ آواز آلبوم‌هایی را منتشر می‌کرد، پدرش سفارش‌های زیادی به او می‌کرده که در کنار آواز چند مجموعه قرائت قرآن نیز منتشر کند اما او به خاطر پیشگیری از سوءتفاهم‌ها این کار را نمی‌کرده؛ اما پس از وفات پدرش به این فکر بوده که باید به حرف او عمل می‌کرده و برای همین برخی از تلاوت‌هایش را در مجموعهٔ به یاد پدر منتشر می‌کند.^[۲۰]

همچنین فیلمی از قرائت قرآن محمدرضا شجریان در مراسم پدرش بر روی فضای مجازی منتشر شده‌است که در آن بخشی از سورهٔ الرحمن را تلاوت می‌کند. البته این فیلم ناقص بوده و کامل آن منتشر نشده‌است و تنها فیلمی است که مربوط به قرائت قرآن محمدرضا شجریان در دسترس است.

محمدرضا شجریان مبدع چند ساز جدید در موسیقی ایرانی است. وی در اردیبهشت ۱۳۹۰ در نمایشگاه در تهران این سازها را رسماً به نمایش عمومی درآورد.برخی این سازها عبارتند از: صراحی، شهر آشوب، ساغر، کرشمه، سبو و…

نمایشگاه سازهای ابداعی شجریان ۱۳۹۰ نمایشگاهی از سازهای ابداعی محمدرضا شجریان است که در تاریخ ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۰ در تالار بهارخانه هنرمندان افتتاح گردید

تولید سازهای ابداعی به دست شجریان با انتقاد زیادی مواجه شد و در نشستی با حضور کارشناسانی همچون: جلال ذوالفنون، جمال سماواتی، حسین علیزاده، داریوش طلایی و… مورد نقد قرار گرفت.^[۷۲] همچنین سجاد پورقناد در گفت و شنودی با حضور موافقان سازهای شجریان، به نقد این سازها پرداخت.

 

پروژه باغ هنر بم

بعد از زلزله بم در دی ماه ۱۳۸۲ محمدرضا شجریان برای حمایت و همدردی با مردم زلزله‌زده بم در تهران چند نوبت به اجرای کنسرت هم‌نوا با بم پرداخت، او عواید کنسرت‌ها و فروش لوح‌های فشرده آن را به کمکی برای ایجاد باغ هنر بم که پایه‌گذار آن بود اختصاص داد، روند تکمیل پروژه باغ به کندی پیش رفت و با سنگ‌اندازی برخی مسوولین شجریان از ادامه این کار دلسرد و از این کار کنار کشید، او در نامه‌ای به رئیس شورای شهر وقت در سال ۱۳۸۸ نوشت: ماه‌ها است که توان ما به جای پیشبرد پروژه، به رفع حاشیه‌ها و مشکلات برخاسته از آن معطوف شده‌است. من دیگر توان مقابله با این همه موانع و دشواری‌های ناروای ایجاد شده را ندارم و از آن جایی که ابتدا با شورای محترم شهر بم طرف بودیم، اکنون نیز رسماً این پروژه را به همان شورا تحویل می‌دهیم.”
مشخصات پروژه باغ هنر بم: در جنوب غربی شهر بم با ۷ هزار مترمربع زیربنا با در نظر گرفتن سازه‌هایی مانند مدرسه موسیقی، گالری‌ها، کتاب‌خانه هنری، واحدهای تجاری و فرهنگی و سالن اجتماعات.
به گفته مجریان پروژه باغ هنر بم، سعی شده‌است در طراحی، از مفاهیم معماری اصیل و بومی ایرانی با تأکید بر ملاحظات اقلیمی و منطقه‌ای استفاده شود. اجرای این پروژه پس از زلزله شهر بم در سال ۱۳۸۲ آغاز و ایجاد فضایی فرهنگی و هنری در بم در کنار تقویت و ایجاد روحیه‌ای تازه در بین ساکنان بم، هدف اصلی اجرای آن اعلام شده بود.
مردم نیز برای ساخت و پیشرفت پروژه کمک‌هایی مالی کردند.

با انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ و انتخاب مجدد شوراهای شهر فضای پیشین جای خود را به آرامش نسبی داد. رئیس شورای شهرستان بم دربارهٔ پروژه باغ هنر بم می‌گوید: این پروژه را محمدرضا شجریان بعد از زلزله شهرستان بم برای کمک به مردم آسیب دیده شروع کرد حالا امیدواریم بعد از تغییر مدیریت شورای شهر بار دیگر همراهی وی را با پروژه‌ای که خود سنگ‌های اولش را گذاشت شاهد باشیم.